Многие десятилетия Музей сотрудничает с Научно-исследовательским институтом теории и истории архитектуры и градостроительства (ЦНИИТиА, НИИТАГ). Музей и Институт осуществляют совместную деятельность в научных исследованиях, в организации научных конференций. Последним примером является проведение в Музее совместного Круглого стола, посвященного 150-летию архитектора И.А. Фомина, чья персональная выставка была развернута в одном из выставочных залов Музея.

Научные сотрудники Музея выступают с докладами на научных конференциях НИИТИАГа, ГИИ, НИИ изобразительных искусств РАХ, РГГУ и других институций.

В области научной и выставочной деятельности Музей сотрудничает с Московским архитектурным институтом, оказывая помощь в экспозиционной деятельности Музея МАРХИ, демонстрируя материалы из своего собрания студентам и аспирантам института, принимает для экспонирования произведения, хранящиеся в Музее МАРХИ, а также студенческие работы.

Музей принимает на учебную практику студентов Отделения теории и истории искусства Исторического факультета Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, Гуманитарного факультета Высшей школы Экономики, студентов-реставраторов Московской Художественно-Промышленной Академии имени C.Г. Строганова, студентов факультета Истории искусства РГГУ и других институций.