В Музее ежегодно организуются регулярные научные конференции «Щусевские чтения», которые проходят в первую неделю октября. Они приурочены к празднованию дня рождения А.В. Щусева (8 октября 1873-1949) и Международного дня архитектора (первый понедельник октября).
Тематика «Щусевских чтений» определяется темой главного выставочного проекта Музея в текущем году, юбилеями выдающихся отечественных архитекторов, этапными событиями истории архитектуры. Так, «Щусевские чтения-2013» были посвящены творчеству А.В.Щусева и столетию закладки Казанского вокзала в Москве; тема «Щусевских чтений – 2021» – реставрация музейных предметов была продиктована темой большой выставки «Профессия реставратор. Мастерские Музея архитектуры имени А.В. Щусева». Темой «Щусевских чтений-2022» станет творчество архитектора Константина Мельникова, которому посвящён крупнейший выставочный проект 2022 года – «МЕЛЬНИКОВ/MELNIKOFF». 2023 год будет посвящен 150-летию со дня рождения Алексея Щусева.
Музей также организует тематические конференции и круглые столы, связанные с отдельными проблемами истории архитектуры, памятниками архитектуры, творчеством выдающихся архитекторов. В последние годы прошли круглые столы, посвященные Георгиевскому собору Юрьева-Польского и деятельности П.Д. Барановского по его изучению и реставрации (совместно с ЦНРПМ); творчеству архитектора И.А. Фомина, проблемам современной архитектуры.
В Музее архитектуры проходят уникальные и ежегодные научные конференции, круглые столы, симпозиумы и заседания, посвящённые истории архитектуры, градостроительства и смежным дисциплинам.
Лекторий музея архитектуры – место, где специалисты, исследующие самые разнообразные области истории архитектуры, готовы делиться знаниями и своими научными открытиями со всеми желающими. Наши лекционные циклы позволяют погрузиться в тонкости архитектуры разных стран и эпох: от памятников древних цивилизаций до проектов современных архитектурных бюро.
В разные годы своего существования музей участвовал в исследовательских, издательских и экспозиционных проектах Академии Архитектуры. Традиции сотрудничества продолжились после восстановления в 1992 году Российской академии архитектуры и строительных наук.
Результатом ежегодных научных конференций «Щусевские чтения» является издание ежегодных сборников «Вестник музея архитектуры». Статьи в сборнике – результат научных изысканий как научных сотрудников музея, так и специалистов из других научных институций, разрабатывающих определённую тему в области Истории искусства и архитектуры.